Gli strumenti della Programmazione Negoziata nel 1998 furono estesi ai settori dell'agricoltura e della pesca.

Il "Sistema Polesine" vide la possibilità di offrire un impulso decisivo agli investimenti nei settori dell'agricoltura e della pesca , che da sempre caratterizzano il territorio della provincia di Rovigo e nel 2000, con il coordinamento del Consorzio per lo Sviluppo del Polesine, fu sottoscritto e presentato al Ministero del Tesoro il Patto di settore.

Il Patto fu approvato nel maggio 2001, mentre l'avvio della attività istruttoria da parte dell'Istituto Istruttore - Europrogetti & Finanza - convenzionato con il Ministero, avvenne il 14.04.2000.

Il quadro delle iniziative ammesse è illustrato nello schema successivo:

Il Patto si è formalmente concluso il 13 aprile 2004 anche se alcuni progetti hanno chiesto ed ottenuto una proroga di 12 mesi per la realizzazione degli interventi. Tra questi rientrano in particolare tutti i progetti inerenti la costruzione di pescherecci, in quanto, solo all’inizio del 2004 il Ministero delle Politiche Agricole e Forestali ha comunicato il nulla osta sulla agevolabilità di tali progetti, svincolando così i fondi riconosciuti con riserva in fase di approvazione del Patto Territoriale.

Alla data del 31 dicembre 2006, la situazione della operatività è la seguente: